مصطفی کواکبیان در سال ۱۳۴۱ در محله جهادیه سمنان به دنیا آمد. او تحصیلات خود را تا پایان دوره متوسطه در سمنان گذراند. پس از آن در سال ۱۳۶۱ وارد دانشگاه امام صادق شد و افزون بر تحصیل دروس حوزوی تا پایان دوره سطح، مدرک لیسانس و فوق‌لیسانس خود را در رشته علوم سیاسی از این دانشگاه دریافت کرد. او در سال ۱۳۷۶ مدرک دکترای علوم سیاسی را از دانشگاه تربیت مدرس دریافت کرد. وی در اوایل پیروزی انقلاب، به صورت خودجوش گروهی را برای تحقق دیدگاه‌های امام خمینی(ره) به نام «الخمینیون» تشکیل داد.
وی نمایندهٔ مردم سمنان و مهدی‌شهر در هشتمین دورهٔ مجلس شورای اسلامی و عضو فراکسیون خط امام بود.
انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۴
کواکبیان برای نامزدی انتخابات ریاست جمهوری ایران (۱۳۸۴) با شعار تعمیق مردم سالاری با دولت خدمت ثبت نام کرد. وی همچنین ضمن انتقاد از عملکرد دولت خاتمی گفت: «در دوره خاتمی دولت سالاری بوجود آمد نه مردمسالاری».
کواکبیان در جریان انتخابات دهمین دوره ریاست جمهوری از حامیان جدی میرحسین موسوی به‌شمار می‌رفت. او در همین راستا ریاست ائتلاف مردمی حامیان میرحسین موسوی را به عهده گرفته بود.
فعالیت مطبوعاتی:
کواکبیان مدیر مسئول روزنامه مردمسالاری و صاحب امتیاز و مدیرمسئول روزنامهٔ محلی پیام استان سمنان است. پیام استان سمنان در سال ۱۳۷۱ در قالب هفته‌نامه شروع به انتشار کرد. کواکبیان هم‌اکنون رئیس شورای مرکزی خانه مطبوعات استان سمنان است. او همچنین پیش از این سردبیری هفته‌نامه همبستگی (ارگان حزب همبستگی ایران) و مدیر مسئولی نشریه نماد (ارگان دانشگاه شاهد) را برعهده داشته‌است.
آثار:
مبانی دموکراسی در نظام ولایت فقیه (سازمان تبلیغات ۱۳۶۹)
مبانی مشروعیت درنظام ولایت فقیه (موسسه نشر آثار امام ۱۳۷۸)
هفت قطره (انتشارات پازینه ۱۳۸۱)
گفتمان آزادی و مردمسالاری در قوانین انتخاباتی از آغاز تاکنون (پازینه ۱۳۸۳)
موانع مردمسالاری در ایران (پازینه ۱۳۸۶)
